福建医科大学生物信息学系成立于2012年，2013年开始招生，2015年获批福建省高校医学生物信息学重点实验室和福建省生物信息学实验教学示范中心，2016年获批生物信息学专业硕士学位授权点、福建省高等学校服务产业特色专业。2017年获批生物信息学专业学士学位授权点。2022年获批福建省一流本科专业。

学系办学条件优良，建有本科专业专用微机实验室3个、研究生微机实验室3个、高性能服务器室及高通量生物芯片检测实验室各1个，并拥有校外教学实践基地1个。

学系现有专任教师10人，具有博士学位比例达80%。其中教授2人，副教授5人，博士生导师2名，硕士生导师8名，拥有闽江学者特聘教授1人，闽江学者讲座教授3人，福建省高层次B类人才1人，C类人才3人，福建省高校杰出青年科研人才1人，客座教授3人。

学系承担生物信息学本科专业以及硕、博士等不同层次近30门生物信息学专业课程的教学。构建了面向精准医学的生物信息学创新实践型人才培养模式，通过医理交叉融合，着力培养专业基础扎实、服务于医药健康大数据领域的生物信息学复合型人才。

学系教师承担国家级、省部级科研项目20余项，发表SCI论文70余篇；获批省级、校级教改项目4项，参编国家级规划教材1部。指导本科生在省级以上比赛中获奖10余项，指导本科生以第一作者发表SCI论文6篇。学系先后获评“福建省青年五四奖章”、福建省教科文卫体系统“五一先锋号”等荣誉称号。

    学系在本科生、硕士研究生、博士研究生培养方面积累丰富经验，是福建省生物信息学专业人才培育的重要基地，已累计培养硕、博士毕业生50名，本科毕业生164名，其中本科毕业生升学率达60%以上。毕业生主要在生物医药与生物信息公司从事软件开发、科研服务、计算机辅助医疗等工作，在高等院校、科研院所、医疗机构等从事医学信息管理与大数据挖掘工作。