福建医科大学医学检验系成立于1984年，是福建省首家、全国第二批创办的全日制医学检验本科专业。1985年开始招生，是福建省复合型医学检验人才培养模式创新实验区、特色专业、专业综合改革试点建设点、高等学校应用型学科；是全国首批医学技术一级学科硕士学位授权点，是临床检验诊断学硕士点，拥有博士学位授予权。2020年获批国家级一流本科专业建设点。

学系设有临床检验基础、临床生物化学、临床血液学、临床免疫学、临床微生物学、临床分子生物学、输血医学等7个教研室。拥有12家省级三甲医院和3家福建省医疗“创双高”建设单位作为实践教学基地；建有省级医学检验技术实验教学示范中心，是医学技术虚拟仿真实验教学省级示范中心的主要组成。

学系现有专兼职教师74人，其中教授12人，副教授27人，博士生导师8人，硕士生导师32人。拥有国家级中青年突出贡献专家1人，省级科技创新领军人才1人、省卫生健康突出贡献中青年专家1人、“百千万人才工程”1人、高校杰出青年科研人才4人、高校新世纪优秀人才7人、卫生健康中青年领军人才1人、中青年突出贡献人才1人、高层次人才2人。

学系积极开展教学改革。组织师生参加各类教学比赛和学科竞赛获一等奖5项、二等奖6项、三等奖6项。专业核心课程《临床血液学和血液检验》与《临床免疫学和免疫检验》获评福建省精品课程。《临床血液学与检验》获首批国家级一流本科课程，《临床免疫学与检验》《临床检验基础》《医学实验室管理学》《临床实验室管理学》《临床微生物学与检验》等5门课程获评福建省一流本科课程。

学系专任教师承担在研国家级、省级科研项目27项，研究经费246万元。获福建省科技进步一等奖2项、二等奖5项、三等奖7项，福建省医学科技一等奖3项，福建省青年科技奖3项。教师参编高等医药院校全国规划教材63部，其中主编6部，副主编17部；2014年、2018年分获福建省教学成果二等奖。学系2013年获评福州市“五一先锋岗”,2016年获评福建省“五一先锋号”。

学系为医学检验行业高质量发展培养大批优秀人才，累计培养本科毕业生4000多人，硕士研究生250多人。毕业生就业面向各级医院、临检中心、血液中心、疾控中心、科研机构及医学院校，体外诊断生物试剂公司等。