福建医科大学眼科学与视光学系成立于2002年，作为我省高校唯一开设眼视光学专业的学系，建立以本科、博硕士研究生教育为主，涵盖专升本继续教育的福建省眼视光培养体系，牵头带动省内各个高校眼科学与视光学人才培养。2004年正式招收五年制临床医学（眼与视光学方向）专业学生。2015年获批四年制眼视光学专业招生资格，同年开始招生，毕业生授予理学学士学位。2016 年获眼视光医学专业招生资格。2019年开始招收医学技术类眼视光学方向学术型硕士研究生。

学系设有眼科学基础与视觉科学、视光学、眼科学、角膜接触镜学、低视力学等5个教研室。建立了应用光学实验室、眼科学、视光学、眼镜学、视觉训练等专业教学实验室。拥有10余家省内科、教、研力量雄厚的三甲医院和民营医院作为实践教学基地。

学系现有专兼职教师39人, 具有博士学位18人。其中教授5人，副教授9人，博士生导师4人，硕士生导师14人。享受国务院特殊津贴1人、获评福建省高校教学名师1人、拥有福建省高层次人才B类1人、境外C类1人、客座教授 3 人。学系教师曾获得亚太眼科学会授予的杰出贡献奖、中华眼科学会奖、第三届“中国眼科医师奖”、第二届中西医结合贡献奖、首届中西医结合优秀青年贡献奖。

学系教师近5年来承担科研课题20多项，其中国家自然基金12项、国家卫生部攻关课题1项、国家人事部科研课题1项，省部级课题10多项。获福建省科技进步三等奖6项，医药卫生科技进步二等奖2项，省级教学成果一等奖，发表学术论文200多篇。眼视光学教学团队获评 2009 年省级优秀教学团队。学系2018 年获评福建省“五一先锋岗”。

学系立足福建、面向全国，培养心中有爱、医德高尚、专业知识扎实，具有融眼视光矫治、预防、保健、康复为一体的眼视光实践能力，能够服务生命全周期眼健康的创新型、复合型、应用型医学人才。学系已累计培养毕业生500多人，就业率100%，毕业生就业方向面向医院眼科、视光门诊、眼科专科医院、高校教学科研岗位、国内外眼视光仪器和视光产品研发机构等。